Для своего времени это животное выглядело слишком примитивным. У него был характерный для всех птицетазовых клюв, но так же и зубы в передней части верхней челюсти.
У него был характерный для всех птицетазовых динозавров клюв, но также и зубы в передней части верхней челюсти. На передних лапах было по пять пальцев, что встречалось у гораздо более древних динозавров. По Строению скелета гипсилофодон был типичным представителем орнитихианов, то есть динозавров «с птичьими бёдрами». Все орнитихианы были растительноядными. Когти в районе бёдер были направлены назад, как у птиц.
Семейство гипсилофодонтид в целом существовало очень долго - его представители, похожие друг на друг, встречались, начиная с поздней Юры, до конца Мела. В течении этого длительного периодаони мало именялись, ибо были прекрасно приспособлены к тому образу жизни, который вели. Они быстро бегали и спасались от врагов среди низкорослой растительности в густых лесных зарослях.
Очевидно, что тело гипсилофодона было приспособлено для быстрого передвижения. Кости ног у него были длинные и тонкие, что позволяло перебирать ими с большой скогостью и делать большие шаги. Кости ступней были удлинёнными, и это помогало гипсилофодону сохранять равновесие при беге. Своим жёстким хвостом гипсилофодон мог при случае подсечь ноги нападающему хищнику. Череп гипсилофодона должен был быть довольно лёгким: ведь гипсилофодону, вероятно, приходилось всё время вертеть головой из стороны в сторону, чтобы вовремя заметить приближающегося врага.Вокруг каждого глаза гипсилофодона было кольцо, состоящее из мелких косточек. Такие кольца есть у многих пресмыкающихся, и учёные предпологают, что они являются признаком хорошего зрения.